お父さん世代が子どもの頃に熱中した遊び＜ベーゴマ＞がより複雑に進化し、エンタテインメント性とバトル性をアップさせた新世代ベーゴマ＜ベイブレード＞をフィーチャーした人気ＴＶアニメ「爆転シュート ベイブレード」の劇場版。ベイブレード日本一に輝いたタカオの前に新たなチャレンジャーが出現、壮絶なバトルが展開する。ベイブレード日本選手権大会に参加したタカオとドラグーンは仲間たちの声援を受け、激闘の末見事日本一に輝いた。しかし、喜びの表彰式の最中に新たなチャレンジャーが現われタカオに挑戦を申し込む。チャレンジャーの名は皇大地（すめらぎだいち）。彼は“ガイアドラグーン”を手に日本一の座を賭けタカオに挑む。ドラグーンｖｓガイアドラグーン。２つのベイがスタジアムで激しく火花を散らし、ぶつかり合う。だが、その戦いが、遠い昔に封印された闇の力を古代遺跡から呼び覚す引き金となってしまう。平和な街に悪夢の力が襲い掛かる……。